Einige Kilometer ausserhalb Punakhas ragt auf einem Hügel ein riesiger Chörten über das Tal. Der dreistufige, von einem Dom gekrönte Khamsum Yuelley Namgyal Chörten wurde im Dezember 1999 eingeweiht. Von ihm geniesst man einen schönen Rundblick über das Flusstal mit den Reisfeldern.
Eine Reihe von Feuresbrünsten, Erdbeben und Überflutungen durch geborstene Gletscherseen im Hinterland haben immer wieder schwere Schäden angerichtet, die jedoch stets nach traditionellen Methoden wieder repariert wurden.
Die steilen Holztreppen des Eingangs konnten im Fall eines Angriffes hochgezogen werden und das schwere Eingangstor
ist heute noch nachts geschlossen. Das Dzong besitzt 3 Höfe, im Gegensatz zu den üblichen zwei der anderen Dzongs.
Der Tempel im südlichsten Hof beherbergt die versiegelten Särge von Pema Lingpa und dem Shabdrung.
Am Südende befindet sich die „Hundert Säulen Kongregationshalle“ mit hervorragenden Wandgemälden aus dem Leben Buddhas. Der grösste Schatz ist jedoch das „Rangjung Kharsapani“, ein Bild des Chenresig, das sich angeblich von selbst gebildet haben soll und vom Shabdrung bei seiner Flucht aus Tibet aus dem Kloster Ralung mitgenommen wurde.
Das Punakha Dromchoe ruft jedes Jahr die Ereignisse um dieses Bild und die Belagerung durch die Tibeter in einem mehrtägigen Fest in Erinnerung (s.a. Feste).
Der Shabdrung lies das Dzong 1637 er-richten und brachte 600 Mönche von einem Kloster nahe Thimphu. Es ist auch die Residenz des Je Khenpo, der obersten religiösen Authorität des Landes
